Начиная с 2011 г, КСИР завербовал афганских мигрантов и беженцев в пределах своих границ и внутри Афганистана. Большинство мусульман в Афганистане – сунниты, однако около 15% его населения, главным образом хазарейцы, являются шиитами и имеют религиозные связи с шиитским большинством в Иране. После начала сирийской войны боевики "Фатимиюн" вернулись на родину, и это вызвало опасения, что Иран может мобилизовать прокси-группу для противодействия интересам США в соседнем Афганистане, где находилось около 13000 американских военных.
Есть вероятность, что Иран может использовать этих боевиков в Афганистане для атак на войска США или поставить под угрозу другие американские интересы в стране. На данный момент на восточной границе Ирана находится более 10000 американских солдат. Это заманчивая цель, и шиитские боевики дают Тегерану потенциальную возможность оказывать на них давление. Рахматулла Набиль, дважды занимавший должность руководителя Национального управления безопасности Афганистана (2010-2012, 2013-2015), являющегося главным разведывательным органом страны, подсчитал, что на данный момент в Афганистан вернулось от 2500 до 3000 бойцов "Фатимиюн". Набиль считает, что на данном этапе они не в состоянии представлять непосредственную угрозу национальной безопасности Афганистана, так как они не являются организованными группировками, а разбросаны по разным частям страны. Однако он считает, что бывшие члены бригады "Фатимиюн" могут начать представлять угрозу, если они установят центральное командование. В то же время, со слов Набиля неясно, следила ли за действиями боевиков афганская разведка, внимание которой в основном было сфокусировано на войне против "Талибана" и "Исламского государства". Большая часть бывших боевиков обосновались в преимущественно хазарейском Центральном Афганистане, а также в хазарейских поселениях в западной части страны вдоль границы с Ираном.
Общее число воевавших в Сирии членов "Фатимиюн" определить трудно, однако, по оценкам экспертов, оно составляло от 5000 до 20000 человек. С января 2012 г по сентябрь 2019 г в Сирии было убито около 900 афганских граждан. При этом иранские власти уверяли, что боевики добровольно отправились в Сирию, чтобы защитить святые места шиитов.
Правозащитные организации заявили, что афганским мигрантам и беженцам в Иране были предложены денежные вознаграждения и разрешения на проживание в Иране в обмен на участие в боевых действиях. ООН оценивает численность афганских граждан в Иране в чуть менее 1 млн, но власти Ирана заявляют, что цифра приближается к 3 млн. Тегеран изгнал с территории страны многих афганцев и периодически угрожает оставшимся массовыми высылками. Вполне вероятно, что Иран направляет членов "Фатимиюн" в Афганистан в рамках двухэтапной попытки Тегерана подготовиться к выводу военного контингента США из Афганистана. С одной стороны, власти Ирана нормализовали отношения с талибами, которые, по их прогнозам, вскоре захватят власть в Кабуле. Однако, с другой стороны, Тегеран может готовиться к сценарию, в котором талибы в перспективе вновь отвернутся от Ирана. "Талибан" контролирует или оказывает влияние примерно на половину населения Афганистана. В данный момент группировка пытается продвинуться в переговорах с США в вопросе вывода всех иностранных войск из разрушенной войной страны. Ожидается, что сделка по выводу иностранного военного контингента положит начало внутриафганским переговорам по политическому урегулированию, которое может привести к тому, что талибы станут частью нового правительства. Иран и талибы оказались на грани войны в 1998 г, когда группировка контролировала большую часть Афганистана. Когда боевики "Талибана" захватили афганский город Мазари-Шариф, восемь иранских дипломатов и сотрудник иранского государственного агентства новостей IRNA были убиты в иранском консульстве. Талибы отрицали какую-либо причастность к их смерти. Возмущенный смертью своих граждан Тегеран развернул военнослужащих вдоль границы с Афганистаном, но иранские вооруженные силы так и не смогли вторгнуться на его территорию. Тегеран поддерживал действия Северного альянса против талибов до вторжения войск США в Афганистан в 2001 г. Иран предоставил помощь силам США, которые свергли режим талибов. Однако в последние годы Исламская Республика и талибы установили более тесные связи, а лидеры движения наносят визиты в Тегеран. В то же время правительство США обвиняет власти Ирана в оказании поддержки талибам, но все подобные утверждения ими отрицаются.
Тем не менее, Тегеран не отрицает, что поддерживает контакты с талибами, но настаивает на том, что любое сообщение с ними направлено на обеспечение безопасности иранских граждан в Афганистане и склонению талибов к участию в мирных переговорах. При этом генерал морской пехоты Фрэнк Маккензи, раннее заявил, что активность Ирана в Афганистане усилилась, и что данная ситуация представляет опасность для американских войск. Маккензи, посетивший Афганистан, отметил, что он видит "тревожную тенденцию" иранского злонамеренного вмешательства. "Иран всегда проявлял интерес к Афганистану, но, вероятно, сейчас он видит возможность отследить наши действия здесь через своих марионеток. И мы очень обеспокоены этим".
Сменившего Сулеймани на посту командира иранского подразделения специального назначения "Аль-Кудс" Исмаила Каани связывает давняя история с Афганистаном. Так, в 2018 г 63-летний генерал совершил поездку в Афганистан, посетив Кабул. В 1980-х гг Каани руководил деятельностью КСИР в Афганистане. В 1990-х гг генерал участвовал в оказании материально-технической, финансовой и военной поддержки Северному альянсу, который боролся против движения "Талибан". Когда началась сирийская гражданская война, Каани, как полагают, лично участвовал в организации бригады "Фатимиюн". В него вошли ветераны бригады "Абузар" – афганского ополчения, состоящего из шиитов, которые сражались на стороне Ирана в войне против Ирака. Таким образом, учитывая, что Иран предпринимает активные действия по привлечению шиитов из Афганистана и других близлежащих государств для воплощения своих интересов в регионе, в том числе посредством подрывной деятельности, действующее правительство Афганистана наряду с представителями движения "Талибан" заинтересовано в том, чтобы придерживаться нейтралитета и не демонстрировать открытых контактов с официальным Тегераном, так как любая двойственная ситуация может негативным образом сказаться на перспективе переговоров с США о прекращении огня в Афганистане.